پروتئین‌ها مولکول‌هایی آمفوتر و دارای بارهای مثبت و منفی هستند. اسیدهای آمینه گوناگونی که در ساختار یک پروتئین قرار  دارند تحت تاثیر pH محیط اطراف خود بارهای مختلفی می توانند به خود بگیرند.  pH که در آن  مجموع بارهای مثبت و منفی یک پروتئین برابر با صفر می شود اصطلاحا نقطه ایزوالکتریک پروتئین نامیده می شود. چنانچه تعداد گروه‌های اسیدی یک پروتئین بیش‌تر باشد pH ایزوالکتریک  پایین و در صورتی‌که تعداد گروه‌های بازی بیش‌تر باشد pH ایزوالکتریک بالا خواهد بود. نقطه ایزوالکتریک پروتئین‌ها بین ۱۲-۳ و عمدتا در محدوده‌ی بین ۷-۴  می‌باشند.