نظریه اولیه برای تشکیل PCR های دیجیتالی به سال ۱۹۹۲ برمی گردد اما به طور کلی درسال ۱۹۵۵ گسترش یافت . این روش ، یک روش گسترش وآشکار سازی نمونه های اسیدنوکلئیکی است و از همان روند PCR معمولی پیروی می کند امااین روش مبتنی بر رقیق سازی نمونه های DNA در بخش ها یی جداگانه است به طوری که هیچ واکنشی بین بخش های جدا از هم صورت نمی گیرد. سومین نسل PCR ها محسوب می شود (نسل اول PCR معمولی ونسل دوم Real Time PCR ) ، که برای کمیت سنجی مطلق نمونه های اسیدنوکلئیکی به کار می رود.
این نوع PCR به روش های مختلفی قابل انجام است ولی اساس جداسازی بخش های مختلف است.