١- نامشخص بودن سیاستها، راهبردها، اهداف، اولویت‌ها و برنامه‌ریزی در سطح ملی برای دستیابی به توانایی علمی و تولید فرآورده‌های زیست‌فناوری در ایران.

۲- عدم سرمایه‌گذاری کافی در زمینه تحقیق و توسعه و به‌کارگیری زیست‌فناوری در جهت تامین غذا، بهداشت و درمان، محیط‌زیست، صنعت و معدن و غیره.

۳- تاخير در اجرای طرح‌ها و پروژه‌های مهم ملی به دلیل گسستگی میان آرا و عمل، بین تصمیم‌گیری و اجرا، مسؤولیت و اختیار، گسستگی و اختلاف دیدگاه در بین دستگاههای اجرایی و مسؤولین.

۴- نا‌آشنایی سیاست‌گذاران کلان کشور نسبت به تواناییهای علمی، اقتصادی، دفاعی و غیره زیست‌فناوری در جهت توسعه اقتصادی – اجتماعی کشور.

۵ – نا‌آگاهی عمومی از تواناییهای زیست‌فناوری.

۶ – نبود همکاری و هماهنگی لازم بین سازمانها و وزارتخانه های مرتبط با زیست‌فناوری.

۷ – فقدان یا نامتناسب بودن مقررات لازم و تسهیل کننده و ناظر بر پژوهش و تولید محصولات آزمایشگاهی زیست‌فناوری.

۸ – نامشخص بودن سرنوشت نتایج حاصل از فعالیت‌های تحقیقاتی به دلیل فقدان قوانین حق مالکیت فکری با حق امتیاز.

۹ – فقدان مکانیسم‌ها و روش‌های لازم برای انتقال محصولات آزمایشگاهی به بخش تولید و فقدان حلقه اتصال بین محصولات تحقیقاتی و بخشهای تولیدی کشور.

۱۰- نامشخص بودن یا عدم توانایی بخش صنعت در توليد انبوه محصولات تحقیقاتی زیست‌فناوری.

۱۱۔ فقدان یا ضعیف بودن ارتباطات علمی، فنی و تحقیقاتی بین رشته های مختلف زیست‌فناوری در سطح منطقه و جهان.

۱۲- ضعف در سیستم مدیریتی در برخی بخش‌ها، وجود مراجع متعدد تصمیم گیری و فقدان سیستم نظارت و کنترل کار آمد.

۱۳- کمبود نیروی متخصص و ماهر با کیفیت مطلوب.

۱۴۔ فقدان سیاست و راهکارهایی برای تولید تجهیزات و مواد مورد نیاز آزمایشگاهی و رسیدن به خودکفایی در این زمینه برای انجام تحقبقات در رشته های مختلف زیست‌فناوری.

۱۵- درگیری نیروی انسانی متخصص در فعالیتهای ستادی و پشتیبانی و اتلاف وقت این نیروها در چرخه های اداری پیچیده و ناکارآمد.

۱۶- وجود عوامل بازدارنده و محدودیتهای علمی، فرهنگی، اداری و قوانین دست و پاگیر مالی که مانع رشد استعدادها و خلاقیت‌های مغزی می شوند.

۱۷- عدم رعایت استانداردهای تحقیقاتی و استانداردهای دارای تاثیر قاطع بر کیفیت ایجاد فناوری.

۱۸. کمبود اطلاع افزار، اطلاعات و دانش فنی برای ایجاد فناوری و تولید انبوه، به عبارت دیگر کمبود فناوری اسناد نظیر طرح‌ها، نقشه‌ها, مشخصات، روابط، محاسبات ریاضی، نظریه‌های علمی و در واقع عقب‌ماندگی (علمی) جامعه.

۱۹. ضعف در سازمان افزار، یعنی ضعف در سازماندهی و مدیریت تولید و تحقیقات با فناوری نهفته در سازمان یعنی تمام چارچوب‌های سازمانی مورد نیاز برای ایجاد فعالیت‌های تحقیقاتی و تولیدی .

۲۰- ضعف راهبردی در بخش کشاورزی ایران به دلیل واقع شدن در یک منطقه خشک و نیمه‌خشک و ادامه روشهای کشاورزی سنتی که نتیجه آن، ضعف کشور در تامین اقلام مهم و راهبردی مواد‌غذایی برای جمعیت رو به رشد ایران است.

۲۱- فشارهای سیاسی – اقتصادی خارجی برای کنترل کشور ایران در زمینه دستیابی به ابعاد پیشرفته فناوری های نوین.

۲۲- عدم توانایی کافی کشور برای تولید و تامین تجهیزات و مواد مورد نیاز جهت دفاع در برابر سلاحهای بیولوژیکی.

۲۳- کمبود اطلاعات در زمینه اعمال تهدیدات زیستی از جانب سایر کشورها.