کلونینگ ژن به منظورهای مختلفی انجام می گیرد که مهم ترین دلایل آن در سه دسته زیر جای می گیرد:

۱- تعیین توالی ژن های نا شناخته 

۲- نگه‌داری ژن و تکثیر آن

۳- تولید پروتئین نوترکیب

در همه‌ی این حالات ذکر شده نیاز است که کلونینگ ژن در باکتری صورت بگیرد.