یک نوع روش سکانس یابی مولکول منفرد موازی شده است و تکنولوژی آن به این شکل است که از یک تراشه حاوی تعداد زیادی ازZero -mode –waveguide(ZMW)   استفاده می کند. این ساختار، شش وجهی و نانوفوتونیک است که حاوی یک سوراخ مرکزی در یک روکش فلزی آلومینیومی رسوب داده شده روی یک  سوبسترای سیلیکائی است. این منافذ حدودا ۷۰ قطر و۱۰۰ نانومتر عمق دارند که یک حجم مشاهده درخشان را که به اندازه کافی برای دیدن یک نوکلئوتید کوچک باشد را به وجود می آورد که هر کدام از آن ها دارای یک ماکرومولکول DNA پلی مراز تثبیت شده ویک الگوی DNA منفرد می باشند.