فرق کلونینگ با PCR آنجاست که در PCR محصول ایجاد شده دو رشته ای DNA است که مدت زمان پایداری و دوام مشخصی دارد و باید در دماهای پایین نگهداری شود و هر بار که بخواهیم میزان بالاتری از آن توالی را داشته باشیم باید از نو PCR انجام بشود. ولی در کلونینگ ما از یک سلول زنده که به آن میزبان می گوییم و اغلب یک سلول باکتریایی است به عنوان یک کارخانه ی سلولی استفاده میکنیم که تا زمانی که زنده است و با حداقل محیط کشتی که برای بقای خود نیاز دارد می تواند ژن و یا قطعه ی مورد نظر ما را تولید کند.