شناسایی و تعیین ویژگی پروتئین به منظور های مختلفی در علوم زیستی کاربرد دارد و اهمیت پیدا کرده است. از جمله این اهداف می توان به تایید حضور یک پروتئین خاص، تعیین ساختار پروتئین، تعیین وزن مولکولی، تعیین نقطه ی ایزوالکتریک و… اشاره نمود. این تعیین ویژگی ها می تواند به منظور پیشگیری، تشخیص و درمان بیماری ها و توسعه ی فناوری های مرتبط با آن ها صورت بگیرد.
تعیین ویژگی پروتئین در ۵ سطح انجام می گیرد:
۱- سطح اول یا ساختار عددی پروتئین
۲- سطح دوم و تعیین ساختارهای ثانویه و آلفا هلیکس، بتا شیت، ترن ها و لوپ ها
۳- سطح سوم یا ساختار فضایی سه بعدی پروتئین
۴- سطح چهارم یا الگوی الیگومریک
۵- ساختار میکروسکوپی
برای تعیین ویژگی پروتئین ابزار های In silico و In vitro به تنهایی و یا با هم ممکن است مورد استفاده قرار بگیرد. در سال های اخیر گسترش ابزارهای In silico فهم مولکولی پروتئین ها را به شکل قابل توجهی تقویت کرده است.