اساسا سه دلیل وجود دارد که ژنتیک دانان می خواهند ژن ها را
کلون کنند

۱- اولین دلیلشان آن است که می خواهند از یک
ژن یک محصول به میزان فراوان تولید کنند. محصول یک ژن یا انواع RNA و یا یک
پروتئین است. در این حالت سلول به یک کارخانه ی کچک تولید کننده ی پروتئین مورد
نظر ما می شود. اغلب فرایند بیان بعد از کلونینگ استفاده می شود.

۲- دلیل دوم آن است که می خواهند یک ژن خاص را
شناسایی کنند و اطلاعاتی درباره ی توالی نوکلئوتیدی آن به دست بیاورند.

۳- دلیل سوم دست ورزی یک ژن می باشد. به این معنا که توالی DNA یک ژن را تغییر
دهیم یا دو توالی DNA ی متفاوت را با یکدیگر ترکیب کنیم.