ضعف در سازماندهی و مدیریت تحقیقات و فناوری و تولید منابع نهادهای ملی را به سادگی به هدر می دهد. به عبارت دیگر سازماندهی صحیح، اعمال مسد پربت علمی، سیستماتیک کردن فعالیت ها و شبکه سازی ارتباطات، نقش کلیدی را در کنترل مهارتها، ماشین آلات، تجربیات، اطلاعات و غیره دارد و سه جزء دیگر فناوری یعنی فن افزار، انسان افزار و اطلاع افزار را هماهنگ می کند. این امر از هدر رفتن منابع جلوگیری کرده و موجب بهره برداری بهینه خواهد شد. البته این ضعف تنها منحصر به حوزه زیست فناوری نیست و سایر بخشهای علمی و صنعتی کشور هم از آن رنج میبرند.

نقطه ضعف دیگر، عبارت از فقدان یا ضعیف بودن ارتباطات علمی، فنی و تحقیقاتی رشته های مختلف زیست فناوری کشور با سایر مراکز علمی، تحقیقاتی و صنعتی داخلی (حتی مراکز تحقیقاتی زیست فناوری) در سطح منطقه و جهان می باشد. زیانی که از این بابت متوجه زیست فناوری کشور می شود قابل توجه است.

زیرا اولا مراکز علمی و تحقيقانی از امکانات و تواناییهای داخلی بی خبر می مانند و نمی توانند از این توان قابل دسترس استفاده نمایند. ثانیا بی خبری و یا کم اطلاعی از فعالیت های علمی و تحقیقاتی همسایگان، منطقه و جهان، مراکر علمی تحقیقاتی زیست فناوری را از پیشرفتهای علمی روز بی بهره کرده، به اطلاعات کم و کهنه قبلی محدود می نماید و قدرت رقابتی آنها را از میان می برد. راه حل این معضل تشکبل و فعال نمودن مرکز با سازمانی است که در جهان تحت عنوان مرکز بیوانفورماتیک شناخته می شود. این مرکز وظیفه جمع آوری، پردازش، برقراری ارتباط و توزیع اطلاعات لازم را در بین مراکز و سازمانهای علمی – تحقیقاتی به عهده خواهد داشت در حال حاضر چنین سازمانی در حوزه زیست فناوری و سایر بخش های علمی – تحقیقاتی کشور وجود ندارد و یا در صورت وجود فعالیت چندانی ندارد و اصولی عمل نمی کنند.

فقدان قوانین حق مالکیت فکری با حق امتیاز (Patent) در جامعه ما از جمله ضعف هایی است که موجب دلسردی، عدم همکاری دانشمندان و محققین برای انجام تحقیقات، مهاجرت و فرار مغزها میشود. اصولا فرار مغزها یکی از عوامل تهدید کننده جهان سوم و از جمله نگرانی های همیشگی این جوامع بوده است. امکانات و زمینه های عالی برای انجام فعالیتهای علمی، شرایط خوب مالی و امتیازات ویژه ای که کشورهای پیشرفته و به ویژه ایالات متحده آمریکا برای محققان در نظر میگیرند، در کنار تبلیغات بسیار زیاد انجام شده از امکانات زندگی و رفاه موجود در این جوامع، موجب گشته که همیشه تعداد زیادی از محققان وپژوهشگران از کشورهای جهان سوم و از جمله از کشور ایران، جذب این کشورها شوند. بنابراین بهترین سرمایه ملی، یعنی سرمایه انسانی و متخصصین کشور به ویژه پس از انقلاب، از دسترس خارج می شود که یکی از ضعف ها و علل عقب ماندگی جامعه از کاروان توسعه همه جانبه علمی و صنعتی جوامع پیشرفته است. تنها راهکار جلوگیری از این معضل با کاهش نسبی آن توجه به نیروی انسانی متخصص و تحصیل کرده و تعیین مکانیسم های عقلایی برای برقرار کردن حق مالکیت فکری درجامعه است که موجب می شود محققین به طور عادلانه از ثمره تلاش مغزی خود بهره مند شوند.

وجود قوانین دست و پاگیر مالی اداری و … از دیگر نقاط ضعفی است که مانع بزرگی در راه رشد و شکوفایی فعالیت های تحقیقاتی ایجاد کرده است. برای ایجاد فناوری بومی، چاره ای جز اعتماد به عالمان و محققین وجود ندارد. یعنی باید آنها را آزاد گذاشت، ارج و قرب ایشان را در جامعه بالابرد و امکان پیشرفت را برای آنها فراهم ساخت.